故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑…

　　一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？